Dibesarkan oleh seorang penyihir setelah kematian orang tuanya, Emiya Shirou menggunakan kemampuan sihir yang dipelajarinya untuk membantu orang lain. Namun, ketika dia tiba-tiba terjebak dalam pertempuran antara dua penyihir hebat, Emiya tak sengaja mengatifkan mantra pemanggilan servant. Munculah seorang servant cantik kelas prajurit bernama Saber yang datang untuk melindungi dan mematuhi perintahnya.

Sebagai Master yang telah memanggil seorang servant, Emiya harus ikut serta dalam Perang Cawan Suci untuk memperebutkan Cawan yang dapat mengabulkan semua permintaan.